本科毕业论文查重软件的用户手册与帮助文档应包括以下内容：1.软件安装与注册指引，详细介绍软件下载、安装和注册的步骤和注意事项；2.系统功能介绍，对软件功能进行详细说明，包括文档上传、查重流程、报告生成等功能的操作方法；3.使用技巧与注意事项，提供使用软件时的技巧、注意事项和常见问题解答，帮助用户更好地使用软件；4.软件更新与升级说明，介绍软件的更新和升级方法，保持软件功能的最新性；5.联系方式与技术支持，提供软件的联系方式和技术支持渠道，方便用户在使用过程中获得帮助。

编写本科毕业论文查重软件的用户手册与帮助文档时，需充分考虑用户需求和操作习惯，确保内容清晰易懂。用户手册应包括软件的安装、注册和基本操作流程，帮助用户快速上手；同时，应提供查重报告的解读说明，帮助用户准确理解查重结果。帮助文档应包括常见问题解答、技术支持渠道等内容，方便用户在使用过程中获取帮助。此外，还可以考虑添加操作动画、截图等辅助说明，提升用户体验。总之，用户手册与帮助文档的目标是为用户提供全面、清晰的软件使用指南，使其能够熟练、高效地使用本科毕业论文查重软件。