进行本科毕业论文查重软件的兼容性测试时，首先应选择多款知名的查重软件进行测试，包括但不限于Turnitin、iThenticate、CNKI等。其次，要确保所选软件支持查重的文件格式与语言，以免出现兼容性问题影响查重结果的准确性。另外，在上传论文前，建议将文档保存为常见的格式，如doc、pdf等，以免因格式问题导致查重失败。在查重过程中，要注意查看软件的使用说明，避免操作失误造成结果不准确。最后，对于不同软件查重结果的差异，应理性分析，排除可能的误差，确保最终的查重结果准确可靠。

在进行本科毕业论文查重软件的兼容性测试时，需要注意一些问题。首先，要注意不同查重软件对文件大小、语言、格式的要求可能不同，因此在选择软件时要根据论文的具体情况进行合理选择。其次，在上传论文时，要确保网络连接稳定，避免上传中断导致结果不完整。另外，在查重结果出来后，要认真查看报告中标注的相似部分，对于有疑问的部分可以进一步核实。最后，要保护好个人信息和论文内容，避免泄露或被他人恶意使用。