本科毕业论文查重软件在一定程度上可以提高学术论文的质量。首先，查重软件可以帮助学生检测论文中是否存在抄袭现象，从根本上保障论文的原创性和学术诚信，提高学术论文的质量。其次，通过查重软件的使用，学生可以更加深入地了解自己论文的瑕疵和不足之处，有针对性地进行修改和完善，从而提高论文的学术水平。此外，查重软件还可以帮助学生规范引用和参考文献的格式，提高论文的规范性和准确性，对提高学术论文的质量也起到了积极的作用。

然而，本科毕业论文查重软件对学术论文质量也存在一些负面影响。一些学生可能会过分依赖查重软件，只注重论文的原创性和避免抄袭，而忽略了论文内容的深度和广度，导致论文质量出现偏差。此外，有些查重软件的判定标准并不完全准确，可能存在误判的情况，给学生带来不必要的困扰。因此，在使用本科毕业论文查重软件时，学生需要正确地认识其作用，合理利用，不可过分依赖，应该注重对论文内容的深入思考和研究，提高学术论文的整体质量。